Schemat produkcji energii w tokamakach zakłada fuzję deuteru i trytu, która prowadzi do powstania helu-4 i neutronu. Bezpośrednio więc nie powstaje tu żaden radioaktywny odpad. Niemniej jednak neutron prędzej czy później zderzy się lub zostanie pochłonięty przez elementy konstrukcyjne urządzenia i może je aktywować – w wyniku reakcji z neutronem stabilny izotop przekształci się w radioaktywny. Tokamak sam w sobie po okresie użytkowania będzie musiał zatem być odpowiednio traktowany, podobnie jak istnieją procedury zamykania i usuwania aktywowanych elementów reaktorów jądrowych. Dodatkowo trzeba pamiętać, że używany i powstający w wyniku reakcji w tokamaku tryt jest radioaktywny.