Kolor danego ciała zwykle określa się jako część spektrum światła widzialnego, które nie jest pochłaniane gdy oświetlimy je światłem białym. W celu odpowiedzenia na pytanie czy atomy mają kolor, trzeba najpierw wyjaśnić w jaki sposób atomy pochłaniają i emitują światło. Oświetlanie atomu skutkuje przejściem elektronów ze stanów (orbit) o niższej energii do stanów (orbit) o wyższej energii, w wyniku przekazania energii elektronom przez fotony. Emisja światła zachodzi natomiast w momencie, gdy elektron przechodzi ze stanu o większej energii do stanu o energii mniejszej. Zgodnie z zasadą zachowania energii różnica energii elektronu pomiędzy stanami jest równa energii wyemitowanego z atomu fotonu. Różne energie fotonu odpowiadają różnej częstotliwości światła zgodnie ze wzorem $E=h\nu$, gdzie $E$ to energia fotonu, $\nu$ – częstotliwość światła, a $h$ – stała Plancka. Może się tak zdarzyć, że energia wyemitowanego fotonu jest inna niż energia fotonu, który spowodował wzbudzenie. Wtedy można powiedzieć, że atom świeci światłem o innej częstotliwości niż został oświetlony. W zależności od konkretnego atomu wyemitowane atomy mogą emitować światło o różnych częstotliwościach. Czasem te częstotliwości odpowiadają częstotliwości światła widzialnego. Wtedy można powiedzieć, że takie atomy mają kolor.