Jądra atomowe można sobie wyobrażać jako dobrze zlokalizowane małe obiekty, natomiast elektrony raczej jako przestrzenne rozkłady (‚chmury’) ujemnego ładunku elektrycznego rozmieszczone wokół jądra. Rozmiary tych chmur są porównywalne z rozmiarami atomów. W ciele stałym lub cieczy odległości między jądrami różnych atomów są też porównywalne z rozmiarami atomów. Tak więc nie ma dużych ‚przerw’ czy ‚dziur’ między chmurami elektronowymi. Nasz wzrok operuje w świetle widzialnym, którego długość fali jest znacznie większa od rozmiarów typowego atomu. W przypadku większości cieczy lub gazów chmury elektronowe odbijają takie fale elektromagnetyczne, i dlatego materiały te nie są dla nas przezroczyste. Są oczywiście wyjątki, takie jak szkło lub woda. Fotony o krótszych długościach fali (np promienie X) nie są już tak efektywnie odbijane, i dlatego materia obserwowana promieniami Roentgena jest znacznie bardziej przezroczysta. Wykorzystujemy to w medycynie robiąc zdjęcia rentgenowskie lub tomografię. Jeszcze większą przezroczystość uzyskujemy dla jeszcze krótszych długości fali (promieni gamma), które mogą wniknąć bardzo głęboko w ciało stałe lub ciecz, ale jednocześnie niszczą strukturę jego wiązań chemicznych, i dlatego są niebezpieczne.