Weźmy jako przykład atom wodoru, którego rozmiar jest rzędu promienia Bohra $a = \hbar/(mc\alpha)$, gdzie $m$ jest masą elektronu, $c$ prędkością światła, a $\alpha$ stałą struktury subtelnej wynoszącą około 1/137. Średni pęd $p$ elektronu na orbicie jest rzędu $mc\alpha$, a energia wiązania rzędu $p^2/m$. Widać, że $a p$ jest rzędu $\hbar$.

„Zobaczenie” struktury atomu przez mikroskop elektronowy lub optyczny wymagałoby użycia cząstek (elektronów lub fotonów) o długościach fali $\lambda$ znacznie mniejszych od $a$. Ich pędy byłyby wtedy znacznie większe od $\hbar/a$, a energie kinetyczne znacznie większe od energii wiązania atomu. Zatem oddziaływanie doprowadziłoby do destrukcji atomu. Oznacza to, że struktury atomu nie da się „zobaczyć” przez żaden mikroskop.

W powyższym rozumowaniu nie było odwołania do zasady nieoznaczoności Heisenberga, więc trudno powiedzieć, że ostateczny wniosek z niej wynika. Fakt, że $a p$ jest rzędu $\hbar$ nie wynika z zasady nieoznaczoności, lecz raczej z rozwiązania równania Schroedingera dla rozważanego atomu. Sama zasada nieoznaczoności nie jest fundamentalnym prawem fizyki, a jedynie wnioskiem z bardziej podstawowych praw.