Zdecydowana większość masy protonu pochodzi z energii wiązania kwarków poprzez gluony wewnątrz protonu. Gluony są nośnikami oddziaływania silnego, podobnie jak foton jest nośnikiem oddziaływania elektromagnetycznego. Kluczowa różnica polega jednak na tym, że oddziaływanie elektromagnetyczne między dwoma cząstkami słabnie wraz z oddalaniem ich od siebie, podczas gdy oddziaływanie silne w takiej sytuacji rośnie. W konsekwencji, energia wiązania elektronów i protonów w atomie jest ujemna (innymi słowy dostarczając energię do atomu można uwolnić elektrony z atomu), co oznacza, że masa atomu jest mniejsza niż suma mas wszystkich jego składników. Sytuacja diametralnie się różni w przypadku protonu, gdyż dostarczanie energii do protonu nie skutkuje uwolnieniem kwarków, gdyż siła ich wiązania w protonie rośnie wraz z odległością. Oznacza to, że energia wiązania musi być dodatnia, a co za tym idzie masa protonu jest większa niż suma mas kwarków, z których on się składa. To, że energia wiązania stanowi aż 99% masy protonu, można przypuszczalnie wiązać z tym, że oddziaływania silne są wyjątkowo silne w porównaniu do innych odziaływań fundamentalnych. Niemniej jednak obecny stan wiedzy dotyczącej oddziaływań silnych nie pozwala na policzenie energii wiązania protonu, a tym samym jego masy.