Jest to kwestia umowna. Niektórzy przyjmują, że potrzebne są przynajmniej dwa atomy połączone tzw. wiązaniem kowalencyjnym (uwspólniającym elektrony), by taki związek nazywać cząsteczką. Z kolei kiedy indziej przez cząsteczkę rozumie się stabilną, neutralną elektrycznie grupę atomów — i w szczególności może ona liczyć tylko jeden atom, jak to jest np. w przypadku gazów szlachetnych. Zatem z tego punktu widzenia już jeden atom (np. gazu szlachetnego) tworzy cząsteczkę. Kilka słów więcej na ten temat przeczytać można tutaj.