Istnieje kilka związków boru, które — w wyniku różnych mechanizmów — w terapii BNCT są w stanie zidentyfikować i wniknąć w komórki nowotworowe.

W przypadku nowotworów mózgu stosuje się związek określany jako BSH, o składzie chemicznym Na$_2$B$_{12}$H$_{11}$SH (di-sodium undecahydro-mercapto-closo-dodecacarborate). Związek ten jest w stanie przeniknąć przez tzw. barierę krew-mózg, która jest osłabiona właśnie przez komórki nowotworowe. W przypadku zdrowych komórek bariera ta nie jest zakłócona i nie pozwala ona na wniknięcie do ich wnętrza związku BSH.

Inna możliwość to zastosowanie związku BPA, o składzie C$_9$H$_{12}$BNO$_4$, który jest aminokwasem z dołączonym atomem boru. Mechanizm dostarczania tego związku oparty jest o zwiększony transport membranowy aminokwasów w komórkach nowotworowych (w porównaniu z komórkami zdrowymi).

Jeszcze inna możliwość to zastosowanie liposomów z domieszką boru. Liposomy o odpowiednio dobranej wielkości są w stanie przechodzić przez ściany naczyń krwionośnych. W okolicy komórek nowotworowych zazwyczaj występują stany zapalne, z którymi związane jest pojawienie się przestrzeni międzykomórkowych — liposomy mogą wtedy opuścić naczynia krwionośne i skoncentrować się w okolicy komórek nowotworowych. Proces taki nazywany jest akumulacją liposomów.

Więcej o terapii nowotworowej BNCT przeczytać można tu i tu, a o mechanizmach dostarczania związku boru tutaj.